Quand un salarié est en arrêt maladie, une question revient immédiatement, des deux côtés : que devient son salaire ? Pour le salarié, c'est l'inquiétude d'une baisse de revenus ; pour l'employeur, c'est la gestion d'une situation qui mêle indemnités de la sécurité sociale, éventuel maintien de salaire, jour de carence et subrogation. Ce sujet, à la croisée du droit du travail, de la sécurité sociale et de la paie, est l'un des plus techniques et des plus sources d'erreurs. Dans ce guide, nous expliquons en 2026 ce qui se passe pour le salaire pendant un arrêt maladie : les indemnités journalières, le maintien de salaire par l'employeur, le jour de carence et la subrogation. L'objectif est que chacun comprenne comment se compose la rémunération pendant un arrêt et comment l'employeur la gère.
Ce qui se passe pendant un arrêt maladie
Lorsqu'un salarié est en arrêt maladie, son contrat de travail est suspendu, et avec lui le versement normal de son salaire. Mais cela ne signifie pas qu'il se retrouve sans revenu : plusieurs mécanismes se combinent pour compenser, en tout ou partie, la perte de salaire.
Le premier mécanisme est le versement d'indemnités journalières par la sécurité sociale, sous conditions. Le second, qui dépend de la situation, est un éventuel maintien de salaire par l'employeur, qui complète ces indemnités. Comprendre comment ces deux niveaux s'articulent est la clé pour saisir ce que perçoit réellement le salarié, et ce que cela implique sur le bulletin de paie.
Les indemnités journalières de la sécurité sociale
Le premier niveau de compensation vient de la sécurité sociale, qui verse des indemnités journalières au salarié en arrêt, sous réserve de remplir certaines conditions, notamment d'affiliation et de durée de travail.
Ces indemnités ne remplacent pas l'intégralité du salaire : elles en couvrent une partie, calculée selon des règles propres à partir des salaires antérieurs. C'est pourquoi, sans complément, un arrêt maladie entraîne souvent une baisse de revenus pour le salarié. Le rôle de l'employeur, lorsqu'il y a maintien de salaire, est précisément de compléter ces indemnités, ce qui se traduit dans le salaire net versé.
Le jour de carence
C'est l'un des points les plus connus et les plus interrogés : le jour de carence, ou délai de carence. Les indemnités journalières ne sont pas versées dès le premier jour de l'arrêt, mais après un délai de carence.
Concrètement, les premiers jours de l'arrêt peuvent ne pas être indemnisés par la sécurité sociale, ce qui crée un manque à gagner pour le salarié sur cette période. Toutefois, selon la situation, notamment l'existence d'un maintien de salaire par l'employeur ou des dispositions de la convention collective, ces jours de carence peuvent être en partie compensés. C'est un point qui explique beaucoup d'incompréhensions sur le salaire perçu en début d'arrêt.
Le point clé : les indemnités de la sécurité sociale ne démarrent pas au premier jour, à cause du délai de carence. Mais un maintien de salaire par l'employeur ou la convention collective peut compenser tout ou partie de ces jours.
Le maintien de salaire par l'employeur
C'est ici qu'intervient une obligation importante pour de nombreux employeurs : le maintien de salaire. Sous certaines conditions, notamment d'ancienneté, l'employeur doit compléter les indemnités de la sécurité sociale pour maintenir une partie du salaire du salarié en arrêt.
L'étendue de ce maintien dépend des règles applicables et, très souvent, de la convention collective, qui peut prévoir un maintien plus favorable. C'est pourquoi l'employeur doit toujours vérifier ce que prévoit sa convention, qui peut imposer un complément supérieur au minimum légal. Une erreur sur le maintien de salaire est une source fréquente de litige et de régularisation.
La subrogation
Un mécanisme pratique mérite d'être expliqué : la subrogation. Normalement, les indemnités journalières sont versées directement au salarié par la sécurité sociale. Mais avec la subrogation, c'est l'employeur qui perçoit ces indemnités et verse au salarié un salaire maintenu, charge à lui de récupérer les indemnités.
La subrogation simplifie la vie du salarié, qui perçoit un revenu régulier de son employeur sans attendre les versements de la sécurité sociale. Pour l'employeur, elle suppose une gestion rigoureuse de la paie et du suivi des indemnités. C'est un dispositif courant mais technique, qui illustre pourquoi la gestion de la paie en cas d'arrêt maladie demande de la précision.
Un exemple concret
Un salarié venait de se mettre en arrêt maladie et s'inquiétait de ne percevoir aucun revenu les premiers jours, tandis que son employeur ne savait pas exactement comment gérer sa paie pendant cette période.
Nous avons clarifié la situation pour les deux : les indemnités journalières de la sécurité sociale après le délai de carence, le maintien de salaire dû par l'employeur compte tenu de l'ancienneté du salarié et de la convention collective applicable, et la mise en place de la subrogation pour que le salarié perçoive un revenu régulier. Une fois ces mécanismes articulés correctement sur la paie, le salarié a été rassuré sur ses revenus et l'employeur a sécurisé sa gestion. Sans cette clarification, l'employeur risquait une erreur de paie et le salarié une mauvaise surprise. La technicité du sujet justifiait pleinement un accompagnement.
Conclusion : un sujet technique qui demande de la rigueur
Le salaire pendant un arrêt maladie résulte de l'articulation de plusieurs mécanismes : indemnités journalières, maintien de salaire, jour de carence et subrogation. Pour le salarié, comprendre ces niveaux explique ce qu'il perçoit réellement ; pour l'employeur, les gérer correctement évite erreurs de paie et litiges. C'est un domaine technique où la rigueur, et souvent l'appui d'un professionnel, font toute la différence.
Chez Jomega Expertise, nous gérons la paie de vos salariés en arrêt maladie, du maintien de salaire à la subrogation. Pour une gestion sociale sans erreur, demandez un diagnostic gratuit de 30 minutes : réponse sous 24 heures, sans engagement.
Questions fréquentes sur l'arrêt maladie et le salaire
Pendant un arrêt maladie, le contrat est suspendu et le versement normal du salaire s'interrompt, mais plusieurs mécanismes compensent la perte. La sécurité sociale verse des indemnités journalières sous conditions, qui ne couvrent qu'une partie du salaire. À cela peut s'ajouter un maintien de salaire par l'employeur, qui complète ces indemnités. Ce que perçoit réellement le salarié dépend de l'articulation de ces deux niveaux de compensation.
Le jour de carence, ou délai de carence, correspond aux premiers jours de l'arrêt qui ne sont pas indemnisés par la sécurité sociale : les indemnités journalières ne démarrent qu'après ce délai. Cela crée un manque à gagner sur cette période. Toutefois, selon la situation, notamment un maintien de salaire par l'employeur ou des dispositions de la convention collective, ces jours de carence peuvent être en partie compensés. C'est une source fréquente d'incompréhension.
Sous certaines conditions, notamment d'ancienneté, l'employeur doit compléter les indemnités de la sécurité sociale pour maintenir une partie du salaire du salarié en arrêt. L'étendue de ce maintien dépend des règles applicables et très souvent de la convention collective, qui peut prévoir un maintien plus favorable que le minimum légal. L'employeur doit donc toujours vérifier sa convention. Une erreur sur le maintien de salaire est une source fréquente de litige.
La subrogation est un mécanisme par lequel l'employeur perçoit les indemnités journalières à la place du salarié et lui verse un salaire maintenu, charge à lui de récupérer ces indemnités. Normalement, les indemnités sont versées directement au salarié par la sécurité sociale. La subrogation simplifie la vie du salarié, qui perçoit un revenu régulier de son employeur, mais suppose une gestion rigoureuse de la paie côté employeur.
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